Uporaba BIO-dizla ni priporocljiva za starejse avtomobile, ker bio-dizel unicuje tesnila, ki so se vgrajevala se pred nekaj leti. Problem je tudi, da je bio-dizel naravni produkt in je njegova kvaliteta mocno odvisna od kraja kjer je rastla osnovna surovina (kot pri dobrem vinu).
Tudi vsi novejsi avtomobili niso primerni za uporabo bio-dizla. Tako pravi VW, da je njihov novi Golf primeren za uporabo bio-dizla medtem, ko ima Bosch na to temo popolnoma drugacno mnenje.
Ce se uporablja bio-dizel je potrebno pogosteje menjevati filtre in obstaja vecja moznost okvare motorja.
Bio-dizel lahko vsak proizvaja tudi doma. Olje iz friteze spustite skozi filter in nato v rezervar

. V Nemciji uporablja tak nacin varcevanja kar nekaj taksistov na neunicljivih Mercedesih E.
Lp.